少年三国志2副本系统是游戏核心玩法之一，主要分布在主界面右侧的副本入口内，包含主线副本、名将列传、时空外传等多种类型。主线副本跟随剧情推进解锁，是获取基础资源和武将经验的主要途径；名将列传需要特定武将达到一定星级后开启，完成后可获得该武将碎片；时空外传属于高难度挑战副本，如再上昆仑遗迹寻踪等，需要玩家具备较高战力并掌握特定通关技巧。副本入口会随着玩家等级提升逐步开放，建议优先完成每日必做的主线副本以保障资源积累。
再上昆仑副本作为经典挑战关卡，需注意BOSS技能机制和阵容搭配。该副本共有6个BOSS，包括张角、黄巾力士、曹操等，每个BOSS会携带小兵并拥有独特技能。例如张角的连续攻击、曹操的吸血反弹等特性需要针对性处理。建议组建包含坦克、治疗和爆发输出的均衡阵容，优先清理小兵再集火BOSS。装备强化和宝石镶嵌能有效提升战力，武将技能等级和羁绊效果也需重点培养。战斗中需合理分配站位，利用控制技能打断BOSS关键技能。
时空外传类副本如遗迹寻踪凤鸣百里具有解谜要素。遗迹寻踪需按特定顺序攻打帐篷机关，过早清除全部敌人会导致道路消失；凤鸣百里第三关需点击城池触发石头机关，通过互动解谜开启隐藏宝箱。这类副本建议仔细阅读剧情对话中的提示，避免因操作失误重置进度。战力不足时可利用济弱扶倾等增益BUFF弥补，但核心仍依赖对副本机制的准确理解。
组队副本需通过活动界面参与，在双倍奖励时段挑战能最大化收益。系统会根据队伍平均战力匹配难度，建议与战力相近的玩家组队避免输出失衡。每日必做的讨伐巨兽秘境寻宝等副本会掉落红叶、秋实等限时活动道具，同时积累军团贡献和将魂资源。副本通关后可通过扫荡功能快速获取资源，但高难度副本仍需手动操作以确保三星评价。
宠物系统和神兽装备对副本通关有显著加成。70级解锁的宠物可通过战宠界面培养，出战时可提供属性增益；红神兽如机关牛、机关鸟拥有群体伤害和控制技能，适合应对多小兵关卡。神兽装备需通过神兽秘境获取，建议优先选择增加攻击和暴击的套装。平民玩家可通过每日签到和活动免费获取宠物碎片，逐步强化副本作战能力。
